Während der ganze Ort sich noch im Schock über den Flugzeugzusammenstoß befindet, kämpft Walter mit seinem eigenen Schock und beginnt zunächst, sein gesamtes Geld auf dem Grill zu verbrennen, entscheidet sich dann aber wieder um und wirft alles zum Löschen in den Pool. Er ist allein zuhause, da Skyler mit den Kindern ausgezogen ist. Sie will sich von Walt trennen und sucht eine Scheidungsanwältin auf. Als sie Walter anschließend aufsucht, um wegen der Scheidung mit ihm zu sprechen, sagt Walter ihr nach anfänglichen Ausflüchten doch schließlich die Wahrheit. Er erklärt, dass er kein Drogendealer sei, sondern sein Geld mit dem Kochen von Meth verdient hat. Er betont, dass er sie liebe und glücklich in ihrer Ehe sei. Später sucht er Gus Fring auf und gibt seine Entscheidung bekannt, dass er aufhören werde. Auch die drei Millionen Dollar, die Gus ihm für drei Monate Arbeitszeit anbietet, lehnt er ab.
Walter kommt nicht gut mit der Trennung von seiner Familie zurecht und fängt auf der Straße einen Streit mit einem Verkehrspolizisten an. Hank kann ihm zwar helfen, aus der Sache rauszukommen, aber Walters wunderliches verhalten fällt auf. Skyler hat darauf bestanden, dass er zuhause auszieht und nun lässt sie ihn nicht mehr ins eigene Haus. Walter Jr. stellt sich auf die Seite seines Vaters, weil er nicht versteht, warum seine Mutter Walter so behandelt. Dieser klärt seinen Anwalt Saul Goodman darüber auf, dass Skyler nun Bescheid weiß, woraufhin Saul Mike darauf ansetzt, Walter zu überwachen. Walter bricht trotzig ins eigene Haus ein und stellt sich dort unter die Dusche. Er merkt nicht, dass zwei Männer, Tucos Cousins, ins Haus kommen, die ihn töten wollen. Mike verständigt Gus, der dafür sorgt, dass die Cousins verschwinden, so dass die Gefahr bereits vorüber ist, als Walter aus der Dusche steigt.
Skyler ist alles andere als begeistert, als sie sieht, dass Walter wieder im Haus ist. Er macht ihr klar, dass er wieder einziehen werde, woraufhin sie die Polizei ruft, die allerdings unverrichteter Dinge wieder abziehen muss, da Walter das Recht hat, in seinem Haus zu wohnen, solange die beiden nicht geschieden sind. Bei nächster Gelegenheit wirft Walter Skyler eine Tasche voller Geld vor die Füße und erklärt ihr, dass er alles nur getan habe, um die Familie angesichts seiner Krebserkrankung finanziell abzusichern. Als Walter kurz darauf das Abendessen vorbereitet, sagt Skyler ihm ins Gesicht, dass sie mit Ted Beneke schläft. Walter ist so wütend, dass er Beneke ihn dessen Büro konfrontieren will. Als er dort nicht rein gelassen wird, wirft er einen riesigen Blumentopf gegen die Fensterscheibe zu Benekes Büro. Er wird von den Sicherheitsleuten rausgeworfen und Mike bringt ihn zu Saul Goodman. Dort erfährt er, dass die beiden sein Haus verwanzt haben, rastet noch mehr aus und feuert Saul.
Walter versucht nun, es Skyler heimzuzahlen, indem er mit einer Kollegin in der Schule flirtet. Diese fühlt sich allerdings belästigt und zeigt ihn bei der Schulleitung an, woraufhin Walter vom Dienst freigestellt wird. Auf dem Parkplatz trifft er Jesse, der alleine blaues Meth gekocht hat und Walter bittet, einen Kontakt zwischen ihm und Gus herzustellen. Walter macht Jesse erbost Vorwürfe, sein Produkt verschandelt zu haben. Als Gus von der Sache erfährt, wittert er eine Chance, Walter wieder zum Kochen zu bringen. Er kauft Jesse sein blaues Meth ab, gibt ihm aber nur die Hälfte des Geldes und lässt die andere Hälfte an den völlig überraschten Walter auszahlen. Walter verlangt eine Erklärung von Gus, woraufhin ihn dieser in ein riesiges, perfekt ausgestattetes Meth-Labor führt, in dem er von nun an mit einem Assistenten namens Gale sein blaues Meth kochen könnte. Walter willigt ein und zieht daraufhin doch aus seinem Haus aus. Außerdem hinterlässt er die unterschriebenen Scheidungspapiere für Skyler. Er zahlt Jesse das Geld zurück, das aus dessen Deal mit Gus stammt, und lässt ihn wissen, dass Jesse damit endgültig raus aus dem Geschäft sei, da Walter nun für Gus arbeiten werde. Anschließend engagiert Walter Saul wieder als seinen Anwalt.
Walter erfährt von Hank, dass dieser mit seinen Ermittlungen in Sachen Jesse vorankommt. So ist Walter gezwungen, sich mit dafür einzusetzen, dass der Wohnwagen, der Jesse und ihm früher als Meth-Labor diente, entsorgt wird, damit dieser nicht letzten Endes zu ihnen beiden zurückverfolgt werden kann. Es kommt soweit, dass Walter und Jesse sich beide im besagten Wohnwagen befinden, während Hank draußen auf dem Schrottplatz davor steht. Walter fingiert einen Unfall Maries, so dass Hank per Handy schnellstmöglich ins Krankenhaus gerufen wird. Als Hank herausfindet, dass Marie überhaupt keinen Unfall hatte, taucht er bei Jesse zuhause auf und schlägt ihn krankenhausreif. Jesse ist so wütend, dass er für Hanks Entlassung aus dem Dienst sorgen lassen will. Walter bringt Gus dazu, Jesse anstelle von Gale als seinen Laborpartner zu engagieren, und überzeugt auf diese Weise Jesse davon, seine Anzeige gegen Hank zurückzuziehen.
Gus lenkt die Cousins, die eigentlich Walter töten wollten, auf Hank, damit er Walter in Ruhe für sich arbeiten lassen kann. Die Cousins versuchen, Hank zu erschießen, aber dieser kann sich wehren, da er im letzten Moment durch einen Anruf gewarnt wird. Dennoch landet er mit Schussverletzungen im Krankenhaus und braucht zur Genesung kostspielige Reha-Maßnahmen. Skyler bringt Walter dazu, die Kosten zu übernehmen, da sie davon ausgeht, dass der Anschlag eigentlich Walter galt. Um Marie zu erklären, woher die Whites soviel Geld haben, geben Walter und Skyler vor, Walter habe beim Glückspiel gewonnen.
Walter kombiniert mithilfe von Hanks Aussage über den Warnanruf, dass Gus für die ganze Sache verantwortlich ist. Sowohl dafür, die Cousins von Walter fernzuhalten, als auch dafür, Hanks Leben zu retten. Walter sucht Gus auf, um ihn wissen zu lassen, dass er die Sache durchschaut und auch die Tatsache, dass Gus dadurch sein Geschäft verbessert hat, da der Überfall auf Hank dem Kartell zugeschrieben wird. Gus nutzt den Moment, um Walter 15 Millionen dafür anzubieten, wenn er ein ganzes Jahr für ihn arbeitet. Zusätzlich garantiert er die Sicherheit von Walters Familie. Walter nimmt das Angebot an, setzt sich anschließend ins Auto, drückt mit geschlossenen Augen das Gaspedal durch und öffnet sie erst im letzten Moment, bevor er mit einem LKW zusammengestoßen wäre.
Walter verbringt einmal eine ganze Nacht im Labor, um dort eine Fliege zu jagen, die seiner Meinung nach das gesamte Labor kontaminiert. Als Jesse dazukommt, zwingt Walter diesen dazu, ebenso die Fliege zu jagen, andernfalls könnten sie nicht mit der Arbeit beginnen. Walter hängt sich vollkommen pedantisch in diese Sache hinein und kommt im Laufe der Zeit mit Jesse ins Gespräch. Er erzählt ihm von seinem Frust darüber, dass er Skyler nicht verständlich machen kann, warum er mit dem Meth-Kochen begonnen hat.
Walter zahlt die Rechnungen von Hanks Reha, und Skyler entschließt sich, die Geldwäsche von Walters Einnahmen zu übernehmen. Jesse findet derweil heraus, dass der kleine Bruder seiner neuen Freundin für Gus’ Dealer arbeitet und in diesem Zusammenhang damals Jesses Kumpel Combo getötet hat. Walter spricht gemeinsam mit Jesse mit Gus über diese Angelegenheit und Gus stimmt zu, keine Kinder mehr für sich arbeiten zu lassen. Der kleine Bruder wird allerdings kurz darauf ermordet und Jesse will aus Rache zwei von Gus’ Dealern erschießen. Walter kommt im letzten Moment hinzu, überfährt die beiden Männer und weist Jesse an, sich zu verstecken.
Walter trifft sich mit Gus, um ihm zu erklären, dass er nicht anders handeln konnte und Jesse nicht verraten werde. Gus engagiert wieder Gale als Walters Laborassistenten, plant dabei aber, Walter beizeiten durch Gale zu ersetzen. Walter ahnt, was Gus vorhat, und als Mike Walter kidnappt, um ihn umzubringen, weist Walter Jesse dazu an, Gale zu ermorden, um damit sicherzustellen, dass Gus sie weiterhin braucht, um das gewohnt hochwertige Produkt herzustellen.