Jesse kauft sich eine Waffe, um sich vor Tuco zu schützen, Walter aber schlägt vor, ihn zu vergiften. Hank schickt Walter ein Handyfoto von No-Doze und Gonzo, Tucos anderem Gefährten, und wie diese tot auf dem Rastplatz liegen. Kurze Zeit später entführt Tuco Walter und Jesse mit Waffengewalt. Gefangen in einem abgelegenen kleinen Haus in der Wüste versuchen Walter und Jesse, Tuco das Gift unterzujubeln, doch Tucos dahinsiechendem Onkel Tio gelingt es, Tuco zu warnen. Walter und Jesse entkommen und verstecken sich, als Hank, der durch eine Suche nach Jesses Wagen das Versteck gefunden hat, sich Tuco nähert und ihn erschießt.
Um seine Abwesenheit zu erklären, gibt Walter vor, an Gedächtnisverlust zu leiden und lässt sich in ein Krankenhaus einliefern. Skyler erfährt von Marie, dass ihr Mann wahrscheinlich ein zweites Handy besitzt und konfrontiert Walter damit, als dieser wieder nach Hause kommt. Jesse ist mittlerweile pleite und bittet Walter um die Hälfte des Geldes, das die beiden durch ihren Drogendeal erhalten haben, aber Walter weigert sich und gibt Jesse erst nach einiger Zeit einen Teil des Geldes. Skyler wird zunehmend misstrauisch in Bezug auf Walters Verhalten und seine andauernde Abwesenheit und distanziert sich emotional von ihm. Nach dem Tod Tucos gelingt es Jesse, eine eigene Crew aus Freunden und Bekannten um sich zu scharen, die sich um den Vertrieb der Drogen kümmern sollen. Skinny Pete, ein Vertrauter Jesses, wird von einem Junkie-Paar ausgeraubt, woraufhin Walter Vergeltung fordert und Jesse dazu drängt, die beiden zu ermorden, wozu es aber nicht kommt, da die drogensüchtige Frau ihrerseits den Kopf ihres Mannes mit einem Geldautomaten zerquetscht.
Skyler dankt einer sichtlich verblüfften Gretchen dafür, dass sie und Elliott Walters Chemotherapie bezahlen. Walter bittet Gretchen eindringlich, seiner Frau nichts davon zu sagen, dass er nie Geld von ihnen angenommen hat. Gretchen verkündet Skyler am Telefon, dass sie nichts mehr bezahlen würden, woraufhin Walter seiner Frau erzählt, dass Elliott pleite sei und allein deshalb nichts mehr zahlen könne. Der Mord an Spooge, dem drogensüchtigen Mann, den seine Frau mittels eines Geldautomaten getötet hat, schockiert Walter zwar, verleitet ihn jedoch auch dazu, Jesses neu gewonnen Ruf auf der Straße dazu zu nutzen, um das Territorium zu erweitern. Später bringt Walter seinen Schwager Hank dazu, dass dieser sich wieder seiner Arbeit widmet und seinen Ängsten stellt, nachdem dieser nach seiner Begegnung mit Tuco immer wieder unter Angstattacken leidet. Badger, einer von Jesses Team aus Drogendealern, wird von einem Undercover-Polizisten verhaftet und veranlasst Jesse und Walter dazu, sich die Dienste des zwielichtigen Anwalts Saul Goodmann zu sichern. Hank teilt Badger mit, dass er "Heisenberg", Walters Alter Ego in der Drogenwelt, identifizieren muss, um freizukommen, also sorgt Saul dafür, dass ein ehemaliger Strafgefangener die Gefängnisstrafe statt Walter antritt.
Während Walter die aktuellsten Testergebnisse abwartet, bei denen er sich sicher ist, dass sie nicht positiv sein werden, schafft er es, Jesse dazu zu verleiten, dass er gemeinsam mit ihm Unmengen an Meth kocht. Zahlreiche Unglücke führen dazu, dass der Wohnwagen nicht mehr startet und die beiden ohne Wasser mitten in der Wüste gestrandet sind, doch Walter vollbringt schließlich das Kunststück, eine Batterie zusammen zu basteln, sodass die beiden nach Albuquerque zurückkehren können. Dort erfährt Walter zu seiner großen Überraschung, dass der Krebs sich zurückbildet. Um die positive Nachricht zu feiern, organisiert Skyler eine Party, bei der Walter und Hank aneinander geraten, weil Walter, der offenbar von dem jüngsten Testergebnis nicht so begeistert ist wie alle anderen, seinen Sohn Walter, Jr. dazu drängt, einen Tequila Shot nach dem anderen zu trinken, bis dieser sich in den Swimming Pool erbricht. Walter entschuldigt sich für sein unangemessenes Verhalten und beschäftigt sich mit zahlreichen Heimwerkerarbeiten im und am Haus der Whites.
Saul bietet an, für Walter und Jesse den Kontakt zu einem unauffälligen Drogenlieferanten namens Gus herzustellen. Gus, der bereit ist, das hergestellte Meth in großen Mengen abzunehmen, geht zunächst auf Abstand zu den beiden, nachdem Jesse zu einem Treffen high erscheint. Walters Überzeugungskraft ist es zu verdanken, dass Gus dennoch bereit ist, Geschäfte mit ihnen zu machen, allerdings nur, wenn Walter es gelingt, innerhalb von einer Stunde das Meth zu liefern. Walter stürmt in die Wohnung des einmal wieder zugedröhnten Jesse und ignoriert Skylers Anrufe, wodurch er die Geburt seiner Tochter verpasst. Als Jesse bemerkt, dass ihm eine große Menge an Meth gestohlen wurde, erfährt er von Walter, dass dieser es genommen hat und Jesses Anteil am Gewinn in Höhe von 480.000 $ zurückhält, bis Jesse clean ist. Saul findet einen Weg, Walters Anteil durch die von Walter, Jr. ins Leben gerufene Webseite SaveWalterWhite.com, um die Operation für seinen Vater zu zahlen, zu waschen. Jesses Nachbarin und Freundin Jane, die bereits einmal drogenabhängig war, wird durch ihn wieder rückfällig und verspricht ihrem Vater Donald, dass sie sich am nächsten Tag in eine Entziehungskur begibt. Doch zuvor erpresst sie Walter um das Geld, das ihrer Meinung nach Jesse zusteht. Walter übergibt den beiden das Geld und kehrt nach einer zufälligen Unterhaltung mit Donald in einer Bar zur gemeinsamen Wohnung von Jesse und Jane zurück, nur um mit anzusehen, wie eine mit Drogen vollgepumpte Jane an ihrem eigenen Erbrochenen erstickt. Walter sorgt dafür, dass jeglicher Beweis auf Drogen und deren Missbrauch verschwindet und bringt Jesse in eine Entzugsklinik.
Vor der Operation gibt Walter im Dasein Skylers unwissentlich zu, dass er zwei Handys besitzt. Die OP verläuft zwar erfolgreich, doch Skyler verlässt wenige Wochen später ihren Mann. Donald, ein Fluglotse, kehrt nach dem Schock über den Tod seiner Tochter an seinen Arbeitsplatz zurück und verursacht durch seine Unaufmerksamkeit den Zusammenstoß von zwei Flugzeugen direkt über Walters Haus.